Přes všechny výhody, které digitální pracoviště nabízí, jsou s ním spojená také rizika.
Ztráta osobního kontaktu. Jestliže všichni lidé ve firmě plně využívají možností digitálního pracoviště, většina schůzek probíhá on-line pomocí chatovacích nebo videokonferenčních nástrojů.
Ztráta osobní komunikace a sociálních vazeb může vést k nižší pracovní výkonnosti.
Stírání rozdílů mezi prací a volným časem. S digitálním pracovištěm odpadá myšlenka pracovního dne od 9 od rána do 17 do večera. Zaměstnanci pracují kdykoliv a odkudkoliv chtějí. Tato svoboda ale přináší také rizika – stírají se jasné hranice mezi pracovním a volným časem, což u některých jedinců může vést až k workoholismu nebo pracovnímu vyhoření, zatímco u jiných naopak k poklesu morálky a pracovní výkonnosti.
Firmy se tak musí o své zaměstnance starat stejně jako na fyzických pracovištích, dostatečně je motivovat a pravidelně se s nimi setkávat, ať už on-line nebo osobně.
Závislost na technologiích. Zavádění digitálního pracoviště je spojené se zaváděním on-line nástrojů, na kterých je pak podnikání firmy zcela závislé. Jakýkoliv výpadek takového nástroje nebo služby mívá za následek kompletní zastavení chodu firmy.
I když se dostupnost a bezpečnost technologií za poslední roky obrovsky posunula, závislost na těchto technologiích je stále potenciální slabinou. Kromě technického výpadku totiž hrozí to, že službu cíleně napadnou a vyřadí z provozu hackeři.
Bezpečnost dat a systémů. Možná největší výzvou digitálního pracoviště je zajištění bezpečnosti dat. Například centrální systém pro správu dokumentů (DMS – document management system) je velkým ulehčením pro práci, ale zároveň lákavým cílem pro hackery nebo internetové zloděje. Digital workspace klade velké nároky také na zabezpečení koncových zařízení. Protože zaměstnanci k firemním datům a systémům přistupují prakticky z jakýchkoli zařízení a odkudkoliv na světě, je pro firmu nutné mít pod kontrolou zabezpečení sítě a pracovní postupy samotných zaměstnanců. Proto dochází k rozvoji služeb jako MDM (mobile device management), EMM (enterprise mobile management) nebo MTD (mobile threat defense), díky kterým firma z jednoho centrálního systému na dálku spravuje klidně i tisíce mobilních zařízení a firemní data jsou stále v bezpečí.